Santa Maria d’Àneu ja apareix esmentada en l’acta de consagració de La Seu d’Urgell de l’any 819. Es creu que la seva primera advocació va ser la de Santa Deodata, advocació molt antiga, i que se substitueix posteriorment per la de Santa Maria. No se sap què hi devia haver en aquell moment, ja que les característiques arquitectòniques més antigues que hi veiem ara la situen dos segles més tard, en la primera meitat del segle XI.
Amb les reformes que s’hi van fer els segles XV i XVI la planta va créixer cap a ponent. Al mateix temps el volum interior es va transformar de manera sorprenent a l’unificar-se en una sola les tres naus primitives. Aquestes obres posen en evidència que en aquell moment es trobava en ple funcionament.
A l’interior de Santa Maria podem contemplar la reproducció de part de les pintures originals, datades a cavall dels segles XI i XII, atribuïdes al taller del Mestre de Pedret i avui dia conservades al MNAC. Aquestes pintures són considerades unes de les més importants dins l’art romànic català, tant per la seva plasticitat com per la seva iconografia excepcional. Hi trobem representats l’epifania (adoració dels reis d’orient), els tres arcàngels, dos serafins, dos profetes, la representació d’una profecia i dos personatges més, que possiblement són nobles i/o eclesiàstics que sufragaren la realització de les pintures. En totes les escenes són molts els elements representats que no segueixen les normes tradicionals de l’època.
L’església forma part de l’activitat de l’Ecomuseu, Joc de Dames. Una ruta, amb visió integral, amb visió de gènere, parlant de les dones i els homes que van fer la història. S’explica com va ser el JOC DE DAMES, com es va percebre des d’aquell indret, i com va transcórrer la història posterior. També formen part de la ruta el Monestir de Sant Pere del Burgal, Santa Maria de Gerri i el castell i la canònica de Mur. La incorporació més recent és el Castell de València d’Àneu.