Santa Maria d’Àneu ya aparece mencionada en el acta de consagración de La Seu d’Urgell del año 819. Se cree que su primera advocación fue la de Santa Deodata, advocación muy antigua, y que se sustituye posteriormente por la de Santa María. No se sabe qué debió existir en ese momento, ya que las características arquitectónicas más antiguas que vemos ahora la sitúan dos siglos más tarde, en la primera mitad del siglo XI.
Con las reformas que se realizaron en los siglos XV y XVI la planta creció hacia poniente. Al mismo tiempo el volumen interior se transformó de forma sorprendente al unificarse en una sola las tres naves primitivas. Estas obras ponen en evidencia que en ese momento se encontraba en pleno funcionamiento.
En el interior de Santa Maria podemos contemplar la reproducción de parte de las pinturas originales, datadas entre los siglos XI y XII, atribuidas al taller del Maestro de Pedret y hoy en día conservadas en el MNAC. Estas pinturas son consideradas unas de las más importantes en el arte románico catalán, tanto por su plasticidad como por su iconografía excepcional. Encontramos representados la epifanía (adoración de los reyes de oriente), los tres arcángeles, dos serafines, dos profetas, la representación de una profecía y otros dos personajes, que posiblemente son nobles y/o eclesiásticos que sufragaron la realización de las pinturas. En todas las escenas, son muchos los elementos representados que no siguen las normas tradicionales de la época.
La iglesia forma parte de la actividad del Ecomuseu, Juego de Damas. Una ruta, con visión integral, con visión de género, hablando de las mujeres y hombres que hicieron la historia. Se explica cómo fue el JUEGO DE DAMAS, cómo se percibió desde ese lugar, y cómo transcurrió la historia posterior. También forman parte de la ruta el Monasterio de San Pere del Burgal, Santa María de Gerri y el castillo y la canónica de Mur. La incorporación más reciente es el Castell de València d’Àneu.
